余懋学（1539年—1598年），字行之，号中宇，南直隶徽州府婺源县理坑村（今属江西省）人。应天府乡试第三十一名举人。隆庆二年（1568年）中式戊辰科三甲进士。授抚州府推官，擢南京户科给事中。万历三年，张居正以考成法为依据，将未完成既定事务的凤阳巡抚王宗沐，广东巡抚张守约等停俸禄三月。余懋学上书反对，认为考成法“政严则苛，法密则扰，非所以培元气存大体也”。神宗斥其“假借惇大之说，邀买人心，阴坏朝政。”将余懋学“革职为民，永不叙用。”居正死，起懋学故官，奏夺成国公朱希忠王爵，请召还光禄少卿
岳相、给事中魏时亮等十八人，都得到批准。十二年（1584年）二月，擢南京尚宝司卿。万历十三年（1585年）八月入为太仆寺少卿，御史李植、江东之等以言事忤执政，同官蔡系周、孙愈贤等纷然攻讦，懋学上言，批判朋党，后来果如其言。十五年十一月升南京光禄寺卿，十七年五月升南京通政使，十月改北通政使，十八年九月累迁南京刑部右侍郎，十九年十月改任南京户部右侍郎、总督南京粮储，二十年十月兼都察院右佥都御史。上疏为程任卿、江时鸣冤，二人因此得释。万历二十一年（1593年）以拾遗论罢。卒赠工部尚书。天启初年，追谥恭穆。《
明史》有传。
