林有孚(1481年—?),字以吉,号石崖,福建兴化府莆田县人,军籍。正德五年(1510年)庚午科福建乡试第六名。正德六年(1511年)联捷辛未科第二甲第八十名进士。本年十二月擢授山东道试监察御史,十二年六月提调南直隶学校。嘉靖三年(1524年)九月复除御史原职,命提督南直隶学校。五年十月升南京大理寺右寺丞,八年四月升大理寺右少卿,九年九月升都察院右佥都御史、巡抚保定等处兼提督紫荆诸关,顺天、河间、真定、保定各处滹沱河连年水溢为患,御史徐汝圭劾奏巡抚林有孚坐视民瘼,不行修治赈恤,并发其纵容妾党夤缘奸利等事,改官右佥都御史总督南京粮储。嘉靖十一年(1532年),御史傅汉臣弹劾其私属故吏临清州知州刘守臣,强买民间女为妾,被逮下诏狱,狱中上书自白,并论汉臣挟私弹劾之故,次年黜为民。