孔昭慈（1795年—1862年），字文止，号云鹤，山东曲阜人，孔子七十一代孙，属大宗户，同进士出身。道光十三年（1833年）登癸巳科进士。选庶吉士，散馆改知县，授广东饶平县知县。因丁忧归家，守丧期满，发为福建莆田县令、后调沙县县令摄兴化府通判，又改授古田县。道光二十八年（1848年）调闽县，进为邵武府同知，移台湾鹿港。时反清武装林恭等陷凤山，
知县王廷干、高鸿飞相继死，台湾府城岌岌可危。昭慈闻警讯，航海前往援助，协力守御。咸丰四年（1854年）擢台湾府知府，尽力搜捕馀党。咸丰八年（1858年）进按察使衔分巡台湾兵备道，兼督学政。同治元年（1862年）戴万生举事，昭慈督兵驰抵彰化县，部署未定，兵败城破。昭慈在孔子庙前自鸩殉国。谥刚介。《
清史稿》入《忠义传》。
